"Relaciones filogenéticas y evolución del complejo agassizii (Teleostei, Cyprinodontidae): un modelo de especiación para el Altiplano". Duración: 2007-2010. El objetivo de este proyecto es entender los mecanismos evolutivos que habrían dado origen a las especies de este grupo, utilizando herramientas de la sistemática molecular, estadística multivariada de caracteres morfológicos y de los cromosomas. Investigador responsable: Irma Vila.

"Variación de atributos morfológicos y de historia de vida en Bufo spinulosus : consideraciones ontogenéticas, espaciales e históricas". Duración: 2006-2009. El objetivo de este proyecto es investigar la variación morfológica en los primeros estadios del anfibio Bufo spinulosus . Conjuntamente se evaluará la trayectoria evolutiva de estos cambios utilizando herramientas provenientes de la genética cuantitativa y del método comparado filogenético. Investigador responsable: Marco Méndez.

"Desarrollo de una propuesta de manejo de las cuencas altiplánicas para la conservación de la biodiversidad". Duración: 2008-2010. El objetivo de este proyecto es generar una propuesta para integrar efectivamente la conservación de la biodiversidad en cuencas andinas en un marco de desarrollo sustentable, integrando todos los actores sociales, culturales y económicos. Investigador responsable: Marco Méndez.